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Costruita del VII secolo, poi riedificata nel XII secolo, l'assetto attuale della Chiesa di San Zaccaria risale alla seconda metà del '400 grazie all'intervento prima di Antonio Gambello e poi di Mauro Codussi. Tra il 2000 e il 2005, due interventi di restuaro hanno riguardato San Zaccaria: un intervento conservativo dei chiostri dell'ex-convento e il restauro delle tele di J. Palma il Giovane sulle portelle d'organo conservate in questa chiesa.

La chiesa è organizzata su tre navate con un abside pentagonale. Il presbiterio è rialzato e sovrastato da una grande cupola e cinque più piccole.

In origine le sorgeva accanto il convento delle Benedettine (soppresso nel 1810 con gli editti napoleonici) riservato a giovani nobildonne delle più importanti famiglie di Venezia monacate anche senza vocazione. Secondo la tradizione, ogni anno, a Pasqua, il doge riceveva dalle monache della chiesa un copricapo dogale a corno.
La Caerma dell'ARMA DEI CARABINIERI è posata slle mura lateralmente alla chiesa di San Zaccaria.