Falcone muore nella
strage di Capaci, alle ore 17:58 del
23 maggio 1992. Stava tornando, come era solito fare nei fine settimana, da Roma. Partito dall'aeroporto di Ciampino intorno alle 16:45, era arrivato a Punta Raisi dopo un viaggio di 53 minuti. Appena sceso dall'aereo, si sistemò alla guida dell'autovettura che accoglieva anche la moglie
Francesca Morvillo e un agente di scorta e imboccò l'autostrada per raggiungere Palermo, senza accorgersi che su una strada parallela una macchina li stava seguendo, per dare le opportune segnalazioni ai killer in agguato sulle alture che sovrastavano il litorale. Una carica di 5 quintali di
tritolo posizionata in un tunnel scavato dai killer sotto la Palermo-Trapani nei pressi dello svincolo di Capaci-Isola delle Femmine e azionata per telecomando da
Giovanni Brusca (il sicario incaricato da
Totò Riina di assassinare il giudice), provoca un'esplosione immane che coinvolge molte altre vetture. Pochissimi istanti prima della detonazione, Falcone (che si trovava alla guida della seconda auto) si era accorto che le chiavi di casa erano nel mazzo assieme alle chiavi della macchina, e le aveva tolte dal cruscotto, provocando un rallentamento improvviso del mezzo. Brusca, rimasto spiazzato, premette il pulsante in ritardo, sicché l'esplosione investì in pieno la prima auto del gruppo, dove erano i tre agenti di scorta che morirono sul colpo. Falcone e la moglie, che non indossavano le cinture di sicurezza, vennero proiettati violentemente contro il parabrezza, poiché l'auto si schiantò contro il muro di cemento e pietre che si era improvvisamente innalzato davanti a loro. L'agente di scorta, che sedeva sul sedile posteriore, restò infatti vivo e accusò solo lievi ferite.Pertanto Falcone e la moglie morirono all'ospedale non per l'esplosione dell'auto - diversamente sarebbero certamente morti sul colpo - ma per il tremendo impatto contro il parabrezza.