Dopo essere stati informati dell’infarto di Dan, Lucas e Keith decidono di tornare a Tree Hill nonostante l’abbiano lasciata solo due giorni prima. Dan decide che è arrivato il momento di conoscere meglio Lucas. Padre e figlio cominciano così a comunicare come non avevano mai fatto prima e Dan scopre che il figlio ha contratto l’HCM, la malattia genetica che gli ha causato l’infarto. Dan convince Lucas a trasferirsi da lui, in cambio gli pagherà le medicine e non dirà nulla alla madre circa la malattia. Karen, tornata all’università, comincia ad uscire col suo professore di economia, Andy Hargrove (Kieren Hutchison). Quando Lucas scopre che la nuova fidanzata di Keith, Jules (Maria Menounos) è stata ingaggiata da Dan per vendicarsi del fratello che è andato a letto con la moglie, impedisce al padre di raccontare la verità, soprattutto dopo che Keith ha chiesto a Jules di sposarlo e lei ha accettato. Ma giunto il giorno del matrimonio, Andy e Karen scoprono la vera identità della donna: Karen la minaccia di raccontare tutto a Keith e Jules è così costretta a scappare: il cuore di Keith è rotto.Il matrimonio di Nathan e Haley viene messo a dura prova con l’arrivo di Chris Keller (Tyler Hilton), un musicista che convince Haley a lasciare Nathan e Tree Hill per andare in tour con lui. Peyton, con l’aiuto di Karen, apre un club per tutte le età chiamato TRIC ma dopo che sul suo armadietto appare la scritta ‘‘lesbica’’ entra in un momento scuro della sua vita e viene tentata dalla droga, riuscirà a risollevarsi solo col ritorno d Tree Hill di Jake. Jake e Peyton si innamorano e cominciano una relazione. Brooke diventa amica con benefici del suo novo vicino di casa, Felix Taggarro (Michael Copon) ma quando i suoi genitori perdono tutto e sono costretti a vendere ogni cosa, Brooke scopre di aver bisogno di qualcuno stabile e così si fidanzano. La ragazza decide inoltre di candidarsi come Presidente del Consiglio e nonostante l’avversaria Erica Marsh (Katherine Bailess) non si dimostri del tutto onesta durante le elezioni, alla fine Brooke vince.Lucas e Brooke sono tornati amici nonostante Felix ne sia geloso mentre Nathan si comporta in modo sempre più strano e pericoloso a causa della partenza di Haley con Chris. Lucas comincia ad uscire con la sorella di Felix, Anna (Daniella Alonso) ma alla fine le cose tra i due non continuano perché il ragazzo sente di provare ancora qualcosa per Brooke. La rottura con Lucas lascia Anna molto confusa circa la sua sessualità. Dopo aver baciato Peyton durante un fraintendimento, Anna confessa a Lucas di essere lesbica. Qualche giorno dopo sull’armadietto di Peyton appare la scritta Dike (lesbica). Anna scopre che è stato suo fratello a scriverlo per non far ricominciare le voci sulla sessualità di Anna come nelle altre scuole. Anna confessa a Felix di essere lesbica e il ragazzo le volta le spalle dimostrandosi il contrario di quello che si era sempre definito. Per punizione alla scritta sull’armadietto di Peyton, i genitori di Felix mandano il ragazzo alla scuola militare. Il padre di Brooke ottiene un lavoro in California e la ragazza deve così trasferirsi fino a che Lucas convince la madre a far stare Brooke nella stanza che prima apparteneva a lui: Brooke torna così a essere la ragazza dietro la porta rossa. Sull'orlo di una crisi Nathan cerca di suicidarsi in durante una corsa automobilistica da suo zio Cooper. Solo allora capisce di dover ricominciare la sua vita senza Haley e firma così le carte per l'annullamento del matrimonio.Jake è costretto a lasciare di nuovo Tree Hill perché Nikki ha rapito Jenny ed è scomparsa. Andy e Lucas scoprono che Dan guadagna soldi illegalmente e si mettono a cercare lep rove per incastrarlo. Una volta trovate però Lucas da le prova a Deb che è costretta a tenere la bocca chiusa perché Dan le rivela che l'azienda è intestata a lei e che quindi anche lei verrebbe condannata alla galera. Alla fine della stagione Andy deve tornare in Nuova Zelanda per prendersi cura di sua madre. Karen decide così di andare con lui: prima di lasciare Tree Hill le sembra di scorgere Keith dall'altra parte della strada del cafè. Deb promette a Nathan che loro due vivranno come una famiglia senza più Dan dopo che i genitori avrenno firmato il divorzio. Nathan decide di rompere l'amicizia con Lucas perché il ragazzo si è intromesso negli affari di famiglia scoprende le illegalità di Dan.Lucas riesce finalmente a rivelare a Brooke quello che sente per lei anche se poco prima che la ragazza lasci Tree Hill per tre mesi per recarsi dai genitori in California. Peyton riceve strani messaggi dal nickname WATCHMEWATCHYOU (guardami ti guardo) e crede che sia la misteriosa reporte, Ellie Harp (Sheryl Lee). Ellie va a trovare Peyton e le rivela di essere la sua madre biologica. Dan trova sulla scrivania del suo ufficio una bottiglia con un biglietto for everything you've done (per tutto quello che hai fatto) e dopo averne bevuto un bicchiere cade a terra perché la bevanda era avvelenata. Prima di svenire Dan vede un'ombra nel suo ufficio. Nathan è tornato a vivere con Deb e sulla porta di casa si presenta Haley. Lucas e Peyton si trovano da soli sulla spiaccia e capiscono che quest'estate saranno solo loro due... niente Brooke, né Nathan né Haley.ApprofondimentoLa seconda stagione si differenzia molto dalla prima ed è ritenuta, tra i fan, quella di minore qualità. I motivi sono alcune scelte fatte: il naufragio del matrimonio di Haley e Nathan, l'entrata in scena dei fratelli Tagarro e, sopratutto, l'abbandono totale del campo da basket in favore della musica di Haley e dei gruppi dal vivo che si sono esibiti al Tric. Anche la malattia di Lucas (che lo costringerebbe a lasciare il basket) sembra essersi rivelata una scelta infelice, tanto che il creatore deciderà di affrontarla solo sul finire della terza stagione; ottima scelta invece quella di inserire il tenero Mouth (Lee Norris) nel cast regolare poiché si è rivelato essere un ottimo personaggio per la serie.
