Tre mesi dopo, le cose riprendono da dove erano state lasciate all'inizio dell'estate. Lucas (Chad Michael Murray) e Peyton (Hilarie Burton) trascorrono insieme l'estate. Quando però Brooke (Sophia Bush) torna dalla California e propone al ragazzo un rapporto non esclusivo, Lucas e Peyton sono costretti a nascondere un segreto alla ragazza. Brooke affitta l'appartamento in cui avevano vissuto Nathan (James Lafferty) e Haley (Bethany Joy Lenz). Quando Haley si ritrova senza casa, Brooke le propone di diventare sua coinquilina. Haley prova a farsi perdonare da Nathan che ha trascorso l'estate agli "High Flyers", un campus di basket, ma il ragazzo non è pronto a ricominciare tutto come se niente fosse successo. Nathan decide però di pagare Chris (Tyler Hilton) per tornare a Tree Hill e aiutare Haley nel campo della musica. Tornato a Tree Hill, Chris causa non pochi problemi compreso dormire con Brooke ed essere scoperto da Lucas che rompe definitivamente con la ragazza. Nathan ed Haley tornano insieme, Lucas riesce a perdonare Brooke e i due cominciano una relazione "esclusiva"; Chris lascia Tree Hill.Peyton prova ad accettare il fatto che Ellie sia la sua madre biologica e che sia malata terminalmente. Ellie e Peyton decidono così di incidere un album di beneficenza per la ricerca sul cancro al cervello ma Ellie muore prima che l'album esca nei negozi. Tutti tornano alla Tree Hill High School per cominciare l'ultimo anno e il torneo di basket ha inizio. Whitey (Barry Corbin) rivela ai Ravens che qualunque sia il risultato alla fine della stagione, quello sarà il suo ultimo anno da allenatore mentre Lucas prova a nascondere la malattia dell'HCM a Karen (Moira Kelly) e Whitey, nonostante le disastrose prestazioni all'inizio degli allenamenti. Dan (Paul Johanson) sopravvive all'incendio che è stato appiccato in officina e scopre che Lucas quella notte lo ha tirato fuori dalle fiamme salvandogli la vita. Dan decide di candidarsi a sindaco ma Karen, per contrastarlo, annuncia che sarà l'altro candidato alla carica. Nonostante l'allenza di Karen con Deb (Barbara Alyn Woods), Dan vince le elezioni. Deb è però costretta a lasciare Tree Hill quando Lucas le rivela di aver scoperto che è stata lei ad appiccare l'incendio per uccidere Dan. Keith (Craig Sheffer) torna a Tree Hill e lui e Karen cominciano ad uscire insieme fino a fidanzarsi ufficialmente. Dan è convinto che sia stato Keith ad appiccare l'incendio all'officina e lo fa arrestare. Keith deve però essere rilasciato per l'assenza di prove sufficienti ad imputarlo.La nuova arrivata Rachel Gatina (Danneel Harris) prova a intromettersi tra Lucas e Brooke prima di mettere gli occhi su Mouth (Lee Norris). Mouth capisce com'è veramente Rachel solo quando scopre che la ragazza ha una storia con lo zio di Nathan, Cooper Lee (Michael Trucco) che non conosce la vera età di Rachel. Rachel inoltre apre la Capsula del Tempo registrata nella Stagione Due davanti ad una scuola intera bisgottita per il messaggio lasciato dall'amico di Lucas e Mouth, Jimmy Edwards (Colin Fickes), che è vittima del bullismo e dell'invisibilità tra gli studenti. Jimmy, dopo che la Capsula è stata aperta e il suo messaggio è stato ascoltato da tutti gli altri studenti, prende in ostaggio la scuola con una pistola. Peyton viene colpita alla gamba da un proiettile e Lucas si prende cura di lei in biblioteca mentre la ragazza gi rivela di amarlo e lo bacia. Edwards si uccide davanti agli occhi increduli di Keith che alzando lo sguardo dal corpo del ragazzo, vede Dan puntargli una pitola contro. Dan preme il grilletto. Keith è morto.La morte di Keith tormenta tutti; Nathan ed Haley tornano a vivere insieme e decidono di fidanzarsi ufficialmente e risposarsi; Peyton ha una breve ma intensa e romantiva storia con Pete Wentz dei Fall Out Boy prima di recarsi a Savannah da Jake (Bryan Greenberg); Lucas finalmente confida a Karen di essere affetto dall'HCM e che quindi deve lasciare il basket; Dan è perseguitato dalla visione di Keith-bambino. Peyton propone a Jake di sposarla ma Jake capisce che la ragazza prova ancora qualcosa per Lucas e la incoraggia a tornare a Tree Hill per rivelarglielo. Brooke si sente offesa quando Peyton le rivela di sentire ancora qualcosa per Lucas. É arrivato il giorno del matrimonio di Nathan ed Haley. Deb è tornata a Tree Hill e quando scopre che Dan pensa che Keith sia il responsabile dell'incendio all'officina, decide di rivelare all'ex marito che è stata lei a tentare di ucciderlo. Dan capisce di aver ucciso suo fratello senza ragione e ha un collasso sulla tomba della sua vittima innocente. Karen rivela a Dan di essere incinta e l'uomo le promette che questa volta ci sarà: non commetterà gli stessi errori del passato. Brooke è decisa a non rivolgere la parola a Peyton e quando Lucas si lascia scappare che lui e Peyton si sono baciati il giorno della sparatoria a scuola, la ragazza e devastata e dice a Peyton che la loro amicizia è definitivamente finita: se in futuro non si parleranno più, per lei andrà benissimo. Rachel è disperata per la reazione di Cooper alla scoperta della sua vera età così si ubriaca e rivela a tutti che Cooper ha dormito con lei nonostante sapesse che la ragazza aveva solo diciassette anni. Rachel ruba la limousine degli sposi e parte con Cooper che all'ultimo momento riesce a salire in macchina con lei. Quando Lucas e Karen lasciano il ricevimento, il ragazzo trova un test di gravidanza in una borsetta. Così chiede a sua madre se per caso è incinta e lei gli rivela la verità; quel testo però non le appartiene. Rachel chiede a Cooper se ci possa essere qualcosa che faccia tornare tra loro tutto alla normalità. La ragazza gli dice di aver qualcosa di importante da rivelargli ma quando Cooper si rifiuta di crederle, tra i due scoppia un feroce litigio. Rachel perde il controllo dell'auto e dopo uno scontro con l'auto di Nathan ed Haley, diretti a Londra per la loro luna di miele, la limousine finisce nel fiume. Contro le preghiere di Haley, Nathan si butta nel fiume per salvare Rachel e Cooper ma rimane anche lui intrappolato sotto l'automobile. Quando Dan torna a casa trova la parola "MURDERER" (Assassino) scritta in rosso sul muro - qualcuno sa quello che ha fatto.Approfondimento L'introduzione del personaggio di Ellie (magistralmente interpretato dalla grande ex-Twin Peaks, Sheryl Lee), è stata geniale anche per la chimica che si è instaurata sullo schermo nelle scene con Peyton/Hilarie: questo rapporto madre / figlia si ricuce puntata dopo puntata portando lo spettatore ad un'immedesimazione totale con la fragile Sawyer. La storyline isola un po' Peyton dal resto del gruppo, ma in questo modo lo metterà nelle condizioni di dichiarare il suo (troppo a lungo soppresso) amore per Lucas.Nel frattempo assistiamo ad una riconciliazione tra Haley e Nathan: la fiducia dell'uno per l'altro si rinforza piano piano, nonostante i tentativi di Chris Keller di intromettersi ancora una volta, tanto più che, dopo diversi tentativi falliti, Chris, prima di andarsene e di aver inciso il nuovo demo di Haley, creerà un'importante crepa nel rinnovato rapporto tra Brooke e Lucas.La stagione eccelle per l'incredibile, unico ed acclamatissimo episodio "Una tragedia annunciata (With tired eyes, tired minds, tired souls, we slept)" che affronta in maniera intelligente e ottimamente diretta, l'alienazione sociale che la scuola provoca in alcuni ragazzi e che troppo spesso viene liquidata dai genitori come semplice "disagio adolescenziale".Con la terza stagione di One Tree Hill Mark Schwann è riuscito dove Josh Schwartz (il creatore di The OC) ha fallito: dopo una terza stagione di incertezze, The OC è caduto nella ripetività, tanto da dover chiudere con una quarta stagione abbreviata di soli sedici episodi , mentre OTH ha superato ogni scoglio raggiungendo il suo quinto anno.
