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   Assieme ai Samurai ormai, i Ninja costituivano una componente fondamentale dell’Esercito di ogni signore feudale; con alti e bassi questa situazione si protrasse fino all'arrivo delle navi portoghesi e dei primi missionari gesuiti, che nutrivano un profondo odio verso le discipline interiori del Ninjitsu, che considera ogni individuo sacerdote di se stesso, ed essendo costretti a scontrarsi col potere dei clan Shinobi incoraggiarono la religione cristiana per cercare di isolarli sul terreno culturale. Successivamente decisero di scendere in guerra aperta nel 1579, conquistando e distruggendo la roccaforte Ninja di Iga: nella battaglia di Teusho Iga no Ran le truppe dei gesuiti subirono una disastrosa disfatta per opera dei Ninja che dimostrarono per l’ennesima volta di essere eccellenti combattenti anche in campo aperto.Una delle figure più importanti dell'oscura storia dei Ninja, fu probabilmente il generale Toyotomi Hideyoshi, che pur provenendo da una classe inferiore finì per determinare i destini del Giappone costruendo un sistema dittatoriale che dominò fino a quasi tutto il XIX secolo. Proprio come oggi dirigenti dei servizi segreti riescono a conquistare il potere nei loro paesi, allo stesso modo Toyotomi Hideyoshi dovette molta della sua fortuna al fatto di appartenere ad un gruppo speciale di Samurai al soldo del Daimyo Oda Nobunaga; per quanto non vi siano prove documentali riguardo la sua appartenenza ad un clan Ninja, molte fonti testimoniano la presenza nello stesso clan di Hachisuka Koroku, grande maestro dell’arte del Ninjitsu che, nella battaglia di Okehazama, portò al potere i Nobunaga.