La storia è ambientata 50 anni dopo la serie storica originale.Protagonista della vicenda è il Kenji Kusanagi, un giovane di 17 anni che frequenta una Super Scuola Superiore dove eccelle nella pratica di arti marziali quali Judo, Aikido, Karate e Kendo. Il ragazzi inoltre pilota una moto HMB (Hyper Motor Bike) che funge da core-unit in grado di trasformarsi ed entrare nella testa di Jeeg, al fine di pilotare il gigantesco robot magnetico e combattere gli Haniwa Genjin (gli dei Haniwa) del regno Yamatai governato dalla terribile regina Himika.Ken è affiancato da due giovani amici, Tsubaki Tamashiro e Kyo Misumi che pilotano la navetta d'appoggio Big Shooter e dallo staff della Build Base, la fortezza degli eroi comandata da Senjiro Shiba.La guerra tra il bene e il male ricomincia ..
NB: Kotetsu Shin Jeeg è dichiarato come sequel e non come remake, infatti troviamo diversi personaggi della serie storica come il padre di Hiroshi e la regina Himika ( che si credevano morti), Miwa e forse altri ancora ..
