Allen Walker è un orfano, nato con un braccio non umano, che durante la sua infanzia è stato allevato da Mana, un uomo che viaggiava di città in città. Quando questi è morto Allen, a causa della sua disperazione, ha attirato senza volere il Conte Millennio, che gli ha proposto di riportare tra i vivi Mana. Il ragazzo non era ancora a conoscenza che Mana sarebbe ritornato in vita come Akuma (Demone), pertanto accetta la proposta di Millennio. Tuttavia, quando Mana torna in vita come Akuma, decide di maledire l'occhio sinistro di Allen e renderlo in grado di vedere le anime degli Akuma.Dopo aver salvato, indirettamente, con il braccio non umano Mana, Allen incontra Cross, un generale della Dark Religious, ovvero un gruppo che si fa chiamare Esorcisti, specializzati nell'eliminare gli Akuma.Cross afferma che il suo braccio non umano è un'arma anti-Akuma e che quindi può diventare un Esorcista.Dopo qualche anno Cross manda Allen alla base della Dark Religious, per farlo riconoscere ufficialmente come Esorcista. Da qui parte la storia di D. Gray Man con tanti personaggi come Kanda, Linalee, Lavi, Crowley ed altri.
