La Controriforma segnò anche il destino dei monasteri femminili che furono riformati secondo nuovi dettami il cui fine primario era quello di impedire ogni contatto tra le ospiti e il mondo esterno. Ciò mirava a salvaguardare la castità delle suore che, una volta entrate in vigore le nuove norme, diventarono delle recluse perpetue. Non deve destare meraviglia che tali nuove regole furono accompagnate da più di una protesta, soprattutto da chi in monastero vi era entrato prima della riforma. La prima controversia sorse con l’introduzione nei parlatori delle suore di inferriate molto simili a quelle dei confessionali. Nel monastero di Santa Marta le monache chiesero la revoca del provvedimento. I motivi erano che al momento della professione e dei voti, esse avevano scelto Santa Marta per il particolare tipo di convento, altrimenti avrebbero scelto altro. Inoltre, non avendo mai dato scandalo, vivevano il provvedimento come una sorta di ammissione di colpa davanti alla cittadinanza, che vedendo tale intervento avrebbe pensato che si fosse reso necessario proprio per fatti veramente successi. Nel monastero della Vettabbia (o delle Vergini) vi si opposero anche tre zie e una sorella di Carlo Borromeo. Quest’ultimo fece parzialmente marcia indietro, consentendo l’installazione di una finestrella la cui chiave era in possesso della superiora: sarebbe stata aperta solo in casi eccezionali. Sotto Pio V però tutte le monache furono sottoposte a normative restrittive che le isolarono completamente dal mondo esterno.