Una risposta immunitaria si sviluppa normalmente quando organismi estranei che trasportano i propri antigeni entrano nel corpo, oppure può verificarsi anche una risposta ai propri antigeni. Il meccanismo di difesa funziona sotto forma di immunità umorale (produzione di anticorpi) e reazioni cellulari (ad esempio, fagocitosi). Questi meccanismi sono realizzati da reazioni immunologiche/biochimiche, che possono essere svolte in parallelo.
Una delle teorie sulla non presenza di autoaggressione nella norma è la presenza di tolleranza immunologica (sistema di auto-riconoscimento). Le violazioni nei meccanismi di tolleranza sono accompagnate dalla comparsa di aggressività autoimmune. È in fase di studio il ruolo della partecipazione degli autoanticorpi anti-idiotipici e di altre cellule del sistema immunitario. Gli anticorpi anti-idiotipici sono, in un certo senso, imitatori (analoghi) di un antigene.
Nel processo di studio della patogenesi delle malattie autoimmuni, è emerso che esistono diverse possibili cause. Le ragioni principali che portano al possibile sviluppo di processi autoimmuni patologici includono: predisposizione ereditaria, presenza di mutazioni nei geni che controllano il sistema di espressione dell'autoantigene, violazione dell '"isolamento" di alcune cellule del nostro corpo, fenomeno del mimetismo antigenico , fattori di effetti chimici (compresi i farmaci) e fisici, influenza di virus e cellule batteriche.
Si ritiene che la predisposizione ereditaria svolga un ruolo significativo nello sviluppo delle malattie autoimmuni. Per molte malattie autoimmuni è stata trovata una relazione diretta con l'ereditarietà di alcuni geni del sistema di compatibilità dei tessuti umani (HLA-Human Leucocyte Antigens). Ad esempio, nella dermatomiosite, viene rilevato il genotipo HLA-DR3.
Una delle teorie sull'insorgenza di malattie autoimmuni e sulla comparsa di autoanticorpi si basa sul fatto che gli anticorpi organo-specifici (autoanticorpi) possono formarsi contro le normali proteine umane, che nel processo di sviluppo esistono "isolate" dalle cellule del sistema immunitario. Naturalmente, il concetto di isolamento è in una certa misura condizionale. Quando le barriere vengono violate, tali tessuti/proteine "nascoste" cominciano ad essere riconosciute dalle cellule del sistema immunitario dell'ospite come estranee, il che è accompagnato dalla formazione di anticorpi contro le proprie strutture cellulari. Questi organi includono i tessuti dell'occhio, del testicolo, della ghiandola tiroidea. In molti modi, questo punto di vista ha il diritto di esistere. Tuttavia, va tenuto presente che gli autoantigeni non sono ancora completamente isolati dalle cellule del sistema immunitario circolanti nel flusso sanguigno.
Per chiarire i meccanismi della patogenesi della patologia autoimmune, è necessario tenere conto di tutti i possibili fattori che influenzano il funzionamento dell'immunità in generale, compresi i fattori ambientali.