È passato poco più di un anno e mezzo dall'inizio della pandemia e la popolazione è già riuscita a comprendere un po' le basi dell'epidemiologia e della virologia. E oggi tutto il mondo parla della versione delta del coronavirus pandemico. Delta ha soppiantato con sicurezza il virus "Wuhan" e le sue numerose varietà. Quello che sappiamo oggi sulla variante delta e la sua sottospecie, MedAboutMe lo ha capito.
Ceppi, varianti e classificazioni
Definiamo la terminologia.
I genomi che differiscono l'uno dall'altro solo in alcune parti della sequenza genetica sono chiamati varianti. Ma quando le varianti iniziano a differire l'una dall'altra non solo internamente (genotipicamente), ma anche esternamente (fenotipicamente), iniziano a essere chiamate ceppi. Al momento, tutte le varietà del coronavirus SARS-CoV-2 sono varianti, è sbagliato chiamarle ceppi.
Oggi sono note più di 700mila mutazioni del coronavirus SARS-CoV-2. Tuttavia, non tutte le mutazioni si traducono in una nuova variante del virus e non tutte le varianti meritano l'attenzione di medici e scienziati.
Il CDC e l'OMS hanno sviluppato in modo indipendente una classificazione delle varianti del virus che comprende tre gruppi:
- Variante di interesse (VOI): eta, iota, kappa e lambda.
- VOC, variante di preoccupazione: alfa, beta, gamma e delta.
- Avvisi per ulteriore monitoraggio (VOHC, variante di conseguenze elevate) - precedentemente epsilon, zeta e theta. In precedenza facevano parte del gruppo VOI, ma sono rimasti piuttosto rari, quindi hanno perso i loro nomi greci e sono passati al gruppo VOHC.
La domanda sorge spontanea: a quale gruppo appartiene la versione originale, "Wuhan", del coronavirus? Rispondiamo: nessuno. Questa è una versione di riferimento, un punto di partenza.
A metà estate, la variante delta era predominante nella maggior parte dei paesi del mondo, inclusa la Russia. Dei 244 genomi del virus che gli scienziati russi hanno sequenziato a luglio, 242 si sono rivelati una variante delta, 1 era una variante alfa e un altro 1 era una delle opzioni iniziali per l'inizio di una pandemia.
Caratteristiche molecolari della variante delta SARS-CoV-2
Un'efficienza così elevata della variante delta è spiegata da diverse mutazioni, in particolare nella proteina spike, con la quale il virus interagisce con le cellule umane e vi introduce il suo materiale genetico.
In che modo SARS-CoV-2 entra nella cellula umana?
La proteina spike che costituisce il famoso “spike” del coronavirus è costituita da due domini, S1 e S2. Per avviare il processo di ingresso del virus nella cellula, la proteina S deve essere tagliata in questi due domini. Questo viene fatto dagli enzimi - proteasi cellulari: furina e TMPRSS2, che sono presenti nel corpo umano. Il primo dominio, S1, fornisce il contatto con il recettore cellulare umano ACE2, dopodiché il virus lo “butta via” da solo, mentre il secondo dominio, S2, avvia il processo di fusione della membrana cellulare e del virus. Il genoma del virus viene rilasciato nel citoplasma della cellula.
Scienziati tedeschi dell'Institut für Primatenforschung, nel loro articolo pubblicato nel 2020 sulla rivista Molecular Cell, riferiscono che una delle mutazioni chiave che conferisce al "delta" un vantaggio rispetto ad altre varianti è una mutazione nella regione della proteina in cui la scissione della furina si verifica. Secondo i ricercatori, questa mutazione aumenta la percentuale di particelle virali attivate ottenute dopo la replicazione: per la variante originale, questa cifra è del 50%, e per la variante delta, del 75%.
Cosa sappiamo dell'opzione delta?
- La variante delta è 2 volte più contagiosa del coronavirus di Wuhan. In termini di contagiosità, si avvicina alla varicella.
- Le persone infette da varianti delta hanno una carica virale media 1.000 volte superiore a quelle infettate dal virus Wuhan. Ciò è dovuto al fatto che il "delta" si moltiplica molto più velocemente nel corpo rispetto al virus originale.
- Le persone infettate dalla variante delta iniziano a diffonderla 4 giorni dopo l'infezione, anziché 6 come l'originale SARS-CoV-2.
- Anche le persone infette dalla variante delta rimangono contagiose più a lungo: 18 giorni contro 13 (con il virus originale).
- La variante delta più spesso di altre varietà del virus causa infezioni rivoluzionarie, cioè l'infezione di persone vaccinate con il coronavirus. Ma allo stesso tempo, le persone non vaccinate hanno 5 volte più probabilità di essere infettate e 25 volte più probabilità di finire in ospedale di conseguenza. Gli scienziati attribuiscono questo a una carica virale più elevata.
Varietà dell'opzione delta
Dovrebbe essere chiaro che la "variante del virus" è un organismo con un genoma mutevole e non statico. Pertanto, nelle varianti delta e delta plus, sono state identificate rispettivamente 656 e 269 mutazioni uniche. Non tutti contano, ma solo quelli che sono comuni e influenzano la diffusione del virus.
Al momento, gli scienziati hanno identificato 13 varietà: "delta" (B.1.617.2), che prima è mutata in B.1.617.2.1 (AY.1, alias "delta plus"), e le sue 13 sottolinee, da Dall'AA.1 all'AA.12, l'ultima varietà è l'AA.3.1.
Così, gli scienziati dell'Università del Missouri, in un articolo pubblicato nell'agosto 2021, riferiscono che la variante "delta plus" presenta nuove mutazioni che, in particolare, modificano la conformazione della catena laterale della proteina S, che indebolisce l'interazione del virus con anticorpi La capacità del virus di eludere gli anticorpi aumenta il livello di trasmutabilità del virus, la formazione delle sue nuove varietà.
Allo stesso tempo, sul portale Medrxiv.org è stato pubblicato un articolo di scienziati della Boston University School of Medicine, che riportava una mutazione K417 nella proteina S. Si verifica anche nelle varianti beta e gamma e riduce l'efficacia di un cocktail terapeutico di anticorpi monoclonali.
Previsioni per il futuro
Quindi, tutte le varianti del coronavirus che l'OMS e il CDC hanno inserito nelle loro liste riescono meglio a eludere la risposta del sistema immunitario modellata dalla vaccinazione. Ciò è dovuto a un cambiamento nella proteina S. Gli anticorpi neutralizzanti non interagiscono in modo altrettanto efficace con esso.
Tuttavia, la differenza tra le varianti non è così evidente quando si osserva l'immunità delle cellule T. Il fatto è che le cellule T non sono interessate al virus stesso, il loro obiettivo sono le cellule umane infette. Sono loro che distruggono insieme al virus all'interno. Il riconoscimento delle cellule infette viene effettuato dalle cellule T-helper dai pezzi di proteina virale che le cellule mostrano sulla loro superficie - e questi possono essere pezzi molto diversi, non necessariamente frammenti specifici della proteina S. Quindi l'immunità delle cellule T è più resistente alle mutazioni del virus. È stato dimostrato, ad esempio, che l'immunità delle cellule T funziona con uguale efficienza contro alfa, beta, gamma e il virus "Wuhan".
Tutto quanto sopra vale sia per il "delta" che per le sue nuove varietà.
Commento dell'esperto
Responsabile dell'Oxford Vaccine Group, il professor Andrew Pollard
La variante delta rende impossibile il raggiungimento dell'immunità di gregge al coronavirus SARS-CoV-2. Il problema con questo virus è che non è il morbillo. Quando il 95% delle persone è vaccinato contro il morbillo, il virus non può diffondersi tra le persone. E la variante delta di SARS-CoV-2 continua a infettare anche le persone completamente vaccinate. E non abbiamo nulla per fermare la sua diffusione.
Tuttavia, non c'è motivo di farsi prendere dal panico. Non vediamo infezioni rivoluzionarie con un decorso grave della malattia. Quindi la vaccinazione per molti anni offre una certa protezione anche contro la variante delta.