Con questo termine, si intende significare la diversità genetica, tassonica ed ecologica in tutti i numerosi spazi e in tutti i tempi. Questo per dire, che non esiste biodiversità solo delle piante e solo degli animali...ma anche dei microrganismi; quindi, anche la "biodiversità" dei Virus.
Ogni qualvolta che migrano, o che vengono migrati, animali o piante, questi portano con sè anche il loro patrimonio di microrganismi, alcuni dei quali sono anche patogeni, cioè, in grado di causare malattie nei loro ospiti.
Ade esempio. Verso la seconda metà del 1500, nella nostra vecchia e cara Europa partirono in direzione America navi cariche di Esploratori, o avventurieri che avevano con sè spade, archibugi e una nutrita serie di Virus. E' pur vero che Hernàn Cortès ; nobile condottiero spagnolo e la sua soldataglia trucidarono il governo degli Aztechi appena subito dopo il loro arrivo mentre erano ospiti di Montezuma; sovrano Azteco, ma la stragrande maggioranza degli indigeni americani venne decimata nel decenni e secoli successivi a causa della grande epidemia del Vaiolo e di altri virus, contro i quali non possedevano anticorpi.
Altro esempio interessante è quello del Cimurro del cane, un virus che si trasmette dai cani domestici ai canidi selvatici, come le iene e licaoni ( questi, da tempo estinti ). Da loro ad altre specie provocarono una serie di epidemie concatenate. Il Cimurro, oggi, è una minaccia globale per molti carnivori selvatici che vivono sulla terra, a motivo che l'uomo, sempre l'uomo, ha violato continuamente e senza consapevolezza, gli Habitat selvatici. E così, che il cimurro del cane è passato ai "Procioni", ai "panda rossi", agli orsi neri, ai furetti, ai visoni, agli Zibetti e addirittura ai leoni e alle tigri, che si infettano mangiando animali a loro volta infetti.
Ebbene, se non fosse per l'uomo, ogni ecosistema ospiterebbe i patogeni che può gestire. E questo, in condizioni naturali, è perfettamente accettabile : i continenti si sono separati centinaia di milioni di anni fa, creando ambienti che la natura non prevede entrino in contatto se non in modo "controllato"; cioè a dire, attraverso la migrazione di determinate specie animali. La natura accetta il cambiamento, si adatta al nuovo, ma nei tempi che le sono propri, e che sono ben diversi da quelli cui l'uomo si è abituato.