Le prime misure inquisitoriali erano state approvate nel 1179 dal Concilio Lateranense III. Fra esse, in particolare, il dettato del canone 27 legittimava la scomunica e l'avvio di crociate contro gli eretici. Il procedimento inquisitorio fu formalizzato nella giurisdizione ecclesiastica da papa Lucio III nel 1184 con il decreto Ad abolendam, che stabilì il principio - sconosciuto al diritto romano - che si potesse formulare un'accusa di eresia contro qualcuno e iniziare un processo a suo carico, anche in assenza di testimoni attendibili. La norma venne poi ribadita nel 1215 dal Concilio Lateranense IV che dava vita all'istituzione di «procedure d'ufficio». Si poteva, cioè, instaurare un processo sulla base di semplici sospetti o delazioni. Non solo: chiunque fosse venuto a conoscenza di una possibile eresia doveva immediatamente denunciare il fatto al più vicino tribunale dell'Inquisizione, altrimenti sarebbe stato considerato corresponsabile.
Il termine "inquisizione", tuttavia, si trova documentato per la prima volta negli atti del Concilio di Tolosa tenutosi in Francia nel 1229.
Per rispondere al dilagare di fenomeni ereticali e all'emorragia di fedeli la Chiesa cattolica rispose in due modi:
- appoggiandosi ai movimenti che pur richiamando a un più autentico cristianesimo non si staccavano da Roma e cioè domenicani e francescani;
- istituendo uno speciale tribunale ecclesiastico che avesse il compito di individuare gli eretici e di ricondurli alla «vera» fede: l'Inquisizione.
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