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La tramaette anni dopo aver usato le Sabbie del Tempo per tornare indietro nel tempo e riscrivere la propria storia e, quindi, sfuggire al proprio destino, il Principe si ritrova inseguito dal Dahaka, il Guardiano del Tempo, che è stato mandato per assicurare che il Principe muoia e riportare ordine al Corso del Tempo.

Cercando consiglio da un vecchio saggio, il Principe apprende dell'esistenza dell'Isola del Tempo - il posto d'origine delle Sabbie del Tempo - governata dall'Imperatrice del Tempo. Il Principe salpa per l'Isola per impedire che le Sabbie del Tempo siano create e far sì che il Dahaka non abbia motivo di perseguitarlo.

Molti ostacoli impediscono il raggiungimento dell'Isola e dell'obiettivo: la nave è attaccata da un'armata condotta da una misteriosa donna in nero di nome Shahdee. Il Principe la affronta e durante il combattimento lei riesce a gettarlo fuori bordo; la nave del Principe viene affondata e l'intero equipaggio muore; tuttavia, il Principe riesce a sopravvivere e naufraga sull'Isola.

Girovagando per l'Isola, reincontra Shahdee, che lo insegue all'interno della fortezza dell'Isola e accidentalmente, il Principe passa attraverso uno dei Portali della fortezza, che collega il Presente col Passato. Continuando la sua ricerca nel Passato, incontra Shahdee mentre cerca di uccidere una sconosciuta donna vestita di rosso, Kaileena. Il Principe combatte nuovamente contro Shahdee uccidendola e salvando Kaileena.

Il Principe chiede quindi a Kaileena di poter vedere l'Imperatrice del Tempo per spiegarle il suo problema, ma l'incontro gli viene negato e al Principe è affidato il compito di attivare due torri, che aprono la porta con la Sala del Trono dell'Imperatrice. Kaileena aiuta il Principe regalandogli la Spada del Serpente, che attiverà i ponti per raggiungere entrambi le torri, e in seguito, la Spada del Leone, un'altra arma più potente. Esplorando l'Isola, il Principe incontra una misteriosa creatura oscura che sembra volerlo uccidere. Subito dopo cercando di raggiungere la Sala del Trono, il Principe è attaccato dal Dahaka e rischia di morire, ma la creatura oscura irrompe nella Sala e viene uccisa al suo posto. Il Dahaka se ne va, quindi, senza uccidere il Principe. Il Principe riesce a raggiungere la Sala del Trono e scopre che Kaileena è l'Imperatrice del Tempo. Lei aveva mandato Shahdee per uccidere il Principe, lo aveva mandato nel pericoloso viaggio verso le torri e aveva anche maledetto la Spada del Leone... eppure il Principe non era morto.

Kaileena aveva, anche lei, provato a sfuggire al suo destino. Aveva visto che nel Corso del Tempo, sarebbe morta per mano del Principe, perciò, la sua preoccupazione era di sbarazzarsi di lui a qualsiasi costo. Shahdee, credendo che sarebbe stato impossibile sfuggire al Corso del Tempo, si era opposta a lei. Il Principe, riluttante, combatte e uccide Kaileena. Ritorna nel Presente, sperando di essere sfuggito al proprio destino, ma presto scopre che quando ha ucciso Kaileena, le Sabbie del Tempo erano state prodotte dal suo corpo capendo, quindi, che è stato lui stesso la causa della creazione delle Sabbie. Il Principe inizia a perdere le speranze, ma scopre la Maschera dello Spettro, che si dice abbia il potere di cambiare il destino. Quando indossa la maschera, si trasforma nello Spettro delle Sabbie, la creatura oscura che aveva visto in precedenza. I portali del tempo hanno un grande effetto su di lui in questo stato, permettendogli di rivivere gli eventi del Passato come Spettro (vede il suo incontro con lo Spettro dalla prospettiva opposta). Quando raggiunge il punto in cui lo Spettro salva il Principe dal Dahaka, lui invece lascia che il Dahaka uccida "l'altro" Principe, facendo sì che la Maschera si stacchi e ritorna al punto in cui lui stava per entrare nella Sala del Trono.

Il Principe si rende conto che potrebbe non riuscire ad evitare la morte di Kaileena, ma se lui la uccidesse nel Presente piuttosto che nel Passato, le Sabbie verrebbero create nel Presente e non potrebbero essere trovate dal Maharajah. In questo modo, quindi, sarebbe come se lui non avesse mai aperto le Sabbie ad Azad. Il Principe riaffronta nuovamente Kaileena e la spinge in un portale che la porti al Presente. A questo punto il finale si divide, a seconda che si abbia trovato o meno tutti i miglioramenti della salute e acquisito l'ultima arma, la Spada dell'Acqua.

Senza la Spada dell'Acqua (finale alternativo): il Principe e Kaileena combattono di nuovo e il Principe la uccide. Dopo il combattimento, appare il Dahaka ma ignora il Principe e prende il corpo di Kaileena, essendo lei a sfuggire dal Corso del Tempo. Il Dahaka prende il Principe ma solo per togliergli il Medaglione del Tempo. Essendo scampato al suo destino, il Principe salpa per Babilonia.

Con la Spada dell'Acqua (finale vero): il Dahaka appare e afferra Kaileena (Perché lei appartiene al Passato e non ha il permesso di viaggiare nel Presente) ma il Principe scopre che il Dahaka è debole contro la sua Spada dell'Acqua. Il Principe allora combatte contro il Dahaka e riesce a sconfiggerlo, aiutato da Kaileena, che adesso crede al Principe e nella possibilità di cambiare il proprio destino. Sia il Principe che Kaileena sfuggono, quindi, al proprio destino e si innamorano l'uno dell'altra ripartendo insieme alla volta di Babilonia. Questo è il finale che si ricollega all'inizio del terzo capitolo