L'Inquisizione ha una potenza immensa,
ed il solo essere umano al di fuori della sua giurisdizione è l'Imperatore stesso.
Se lo ritiene necessario, un Inquisitore può richiedere qualsiasi genere
di servizio da ogni cittadino dell'Imperium
Un Inquisitore esercita un potere assoluto nel giudicare presunti eretici,
mutanti, psionici non sanzionati o potenziali, senza possibilità di appello salvo l'intervento di un altro Inquisitore.
Praticamente tutte le sentenze sono condanne a morte, sebbene l'applicazione della sentanza possa essere talvolta differita.
I Traditori, il peggior crimine possibile,
sono considerati irrecuperabili e rapidamente giustiziati.
Gli eretici possono essere redenti, spesso dopo una considerevole quantità di torture, e possono ricevere l'assoluzione mediante la morte al servizio dell'Imperium. Questo servizio può consistere nell'arco-flagellazione, al servizio degli Eserciti Imperiali, divenendo il conduttore di una delle Macchine Penitenti del Ministorum o, nel caso di penitenti psionici, unendosi al seguito di un Inquisitore.
Se un mondo è il soggetto di un'estrema eresia o corruzione, un Inquisitore può decretare il verdetto di Exterminatus. Molti contestano la reale necessità di una simile misura, ma l'Inquisizione si ritene pienamente giustificata ad applicare una simile pena, e in effetti potrebbe essere in errore se non lo facesse.