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Emma è secondogenita di Palmira Bazzani e Steno Marcegaglia, fondatore dell'azienda Marcegaglia S.p.A., società attiva nella lavorazione dell'acciaio.
Il padre, appunto, Steno Marcegaglia è stato coinvolto nel crac Italcase-Bagaglino, e condannato in primo grado il 13 dicembre 2006 a 4 anni e 1 mese di carcere dal tribunale di Brescia, e all'interdizione dai pubblici uffici per 5 anni.
I coimputati di Steno Marcegaglia sono, tra gli altri, Cesare Geronzi, Roberto Colaninno, Stefano Bellaveglia, Ettore Lonati e Divo Gronchi.
Nell'azienda di famiglia Emma ricopre la carica di consigliere e amministratore delegato insieme al fratello Antonio.
Il 13 marzo 2008 è stata eletta alla presidenza di Confindustria per il quadriennio 2008-2012, prima donna a ricoprire tale carica e anche la più giovane.

La Marcegaglia S.p.A. nel 2008 ha patteggiato una sanzione di 500 mila euro più 250 mila euro di confisca per una tangente di 1 milione 158 mila euro pagata a Lorenzo Marzocchi di EniPower, oltre a 500 mila euro di pena, e 5 milioni 250 mila euro di confisca della società N.e./C.c.t. spa controllata dall'azienda.
Il fratello Antonio Marcegaglia ha patteggiato 11 mesi di reclusione con sospensione della pena per il reato di corruzione.
Attualmente è sotto inchiesta insieme alla sua famiglia per i 17 conti bancari ritrovati in Svizzera dalla magistratura milanese.