as roma

Tra i motivi del suo passaggio nella capitale, oltre alla discesa in B della squadra genovese, le allora rinate ambizioni di gloria della Roma che per richiesta di Zeman, con l'ingaggio di Fabio Capello (anche lui nel 1999), vuole togliersi parecchie soddisfazioni iniziando ad ingaggiare grandi campioni.
Nonostante la stagione deludente della Roma, l'Aeroplanino mette a segno 18 reti. L'anno seguente, però, iniziano le incomprensioni con l'allenatore: con il miliardario acquisto di Gabriel Omar Batistuta infatti, la Roma sembra non voler più puntare su Top Gun (si ricorda ancora la polemica per l'assegnazione del numero 9, appartenente a Montella ma fortemente voluto da Batistuta), tanto che per tutto il girone d'andata Vincenzino non colleziona altro che panchine e sostituzioni, poiché Capello non vede di buon occhio il tandem Batistuta-Montella, e a quest'ultimo preferisce il meno offensivo Delvecchio. Nel girone di ritorno Montella è però protagonista e trascinatore della squadra e, nonostante le continue sostituzioni subite, si dimostra una pedina fondamentale nella conquista dello scudetto nel 2001, segnando gol importanti come in (Roma-Milan 1-1, Roma-Parma 3-1 e soprattutto Juventus-Roma 2-2) e arrivando a collezionare un bottino finale di 13 gol.
Nella stagione 2004/2005, nonostante la pessima prestazione della squadra, Montella si è confermato un'autentica macchina da gol, segnando ben 24 reti fra campionato e coppe. Il suo contratto è stato rinnovato fino al 2010.