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Siamo nella regione barbara della Colchide, nella città di Ea, dove si trova il vello d'oro. Qui sta per avvenire un rito di fertilità della terra, un sacrificio umano alla presenza dei figli del re Eeta, un uomo e una donna: quest'ultima, Medea, sacerdotessa di Ecate, dea della morte, presiede il sacrificio. La vittima viene immolata, smembrata, e il suo sangue viene usato per fertilizzare la terra. Nella bacinella che contiene il suo cuore, degli eletti andranno a bagnarsi le mani. La lunga sequenza del sacrificio avviene nel silenzio, accompagnata solo da un canto funebre ancestrale. Medea gira la ruota del sole in mezzo al campo, e pronuncia le uniche parole dell'episodio, con cui chiarifica il senso del rito ciclico della vita: "Dà vita al seme, e rinasce il seme".
Giasone, ormai ventenne, torna nella città di Jolco e rivendica il trono a Pelia. Pelia gli promette di concedergli il trono se Giasone riuscirà a conquistare il vello d'oro. Giasone, spavaldamente, accetta la sfida, e si imbarca su una zattera, Argo, la prima nave della storia. Giasone e gli argonauti approdano nella Colchide, e saccheggiano tutto quanto trovano sul cammino. A Ea c'è agitazione, Medea prevede l'impresa, sogna il bel volto di Giasone prima che egli arrivi realmente nella città, e, senza esitazione, decide il suo destino. Di notte si fa aiutare dal fratello a rubare il vello d'oro, poi insieme a lui fugge su di un carro. Canti di catastrofe salgono nel giorno in città, alla notizia dell'accaduto. Eeta raduna l'esercito nel tentativo di recuperare i figli e il vello. Il carro di Medea raggiunge i cavalli di Giasone e gli argonauti. Medea, all'improvviso, uccide il fratello e si unisce a Giasone, e con un gesto terribile d'amore e dedizione gli dona il vello. Poi, per fermare l'esercito di Eeta che avanza, Medea sparge uno ad uno i pezzi del corpo del fratello per la strada, costringendo Eeta a fermarsi per ricomporli.
Medea e Giasone raggiungono la zattera degli argonauti e tornano insieme veso Jolco. Ma Medea, raggiunta di nuovo la terra, cade nel panico: non sente più la voce del sole e della terra, e mentre gli argonauti, lontano, cantano, lei avverte il disastro del cambiamento. Ma Giasone giunge a prenderla per mano, la porta nella sua tenda, e Medea si calma nell'atto d'amore. Giunto di nuovo a Jolco con il vello, Giasone rivendica il regno. Pelia non mantiene la promessa, e Giasone, con sprezzo, punta ad altre conquiste, ben più ambiziose del piccolo regno di Jolco. Medea è vestita dalle ancelle di Jolco con i colori della nuova civiltà.
Sono passati dieci anni, Giasone e Medea vivono a Corinto, hanno avuto tre figli, ma Giasone ha da poco abbandonato Medea per chiedere in sposa la giovanissima Glauce, figlia del re Creonte. Medea, umilata e lasciata sola con i suoi figli, soffre, e vuole vedere come sta Giasone senza di lei. Giasone incontra il centauro, ormai sdoppiato: il centauro metà animale lascia al centauro-uomo il compito di spiegare i sentimenti di amore che ancora, a sua detta, legano Giasone a Medea. Ma Giasone non sa rendersene conto, e, sotto lo sguardo non visto di Medea, si diverte spensierato in attesa delle nozze. Medea torna a casa, e si rende conto che dieci anni sono passati invano, di essere rimasta "un vaso pieno di un sapere non mio". Medea sogna la Colchide, parla di nuovo con il sole, e così giunge, per amore, alla recrudescenza dei gesti con cui era nato il suo amore per Giasone: si vendicherà di lui donando a Glauce le sue antiche vesti, maledicendole. Queste vesti, portate in dono alla sposa dai suoi figli, a contatto con il corpo, dovranno incendiare la pelle di Glauce. Le immagini della vendetta passano sul volto piangente e silenzioso di Medea. Il sogno ha termine. Ora ha inizio la realtà. Medea va a parlare col re di Corinto Creonte, che ha deciso di bandirla dalla città. Non riesce a far altro che prolungare di un giorno la sua permanenza e quella dei suoi figli a Corinto. Medea medita di vendicarsi su Giasone. Lo fa chiamare, e lo invoca di perdonarla prima che lei lasci la città. Giasone, con un gesto di affermazione del suo possesso, fa per l'ultima volta l'amore con Medea. Più tardi, mentre Giasone dorme, Medea richiama i suoi figli e gli affida le vesti da donare a Glauce, strappando a Giasone la promessa di intercedere presso Creonte affinché lasci vivere a Corinto i suoi figli. Giasone e i tre figli giungono alla reggia di Corinto. Glauce, terrorizzata dal dono e dalla visione dell'antica vita del suo promesso sposo, corre fuori dal palazzo e si suicida, seguita dal padre Creonte, anche lui impaurito e sconvolto dalla consapevolezza delle arti magiche di Medea. Medea è a casa, serena. Chiama i figli uno ad uno, gli fa il bagno prima di farli addormentare, e poi, con tenerezza materna, li uccide prima di metterli a letto. L'indomani, prima di abbandonare Corinto, Medea appare tra le fiamme del sole, che, invocato, sta ormai incendiando la città, con i corpi dei figli accanto a sé. Giasone, sconvolto, vorrebbe salutare un'ultima volta i suoi figli, ma Medea, carica di odio, gli dice che "niente è più possibile ormai". Il sole rosso sangue chiude, così come l'aveva aperta, la scena del film.

da S. Murri, Pier Paolo Pasolini, Il Castoro-l'Unità 1995