Solo contro tutti

Il 15 giugno 2009 alle ore 21:30 Stefano Colantuono ottiene la guida della panchina del Torino, firmando un contratto di durata annuale, con opzione di un altro anno nel caso di promozione in A.
Inizia la carriera di allenatore alla Sambenedettese del presidente Gaucci, con cui ottiene immediatamente la promozione in C1 dopo una strepitosa rimonta, per poi allenare il Catania in Serie B, il Perugia, portandolo ai play off per la A, ed infine l'Atalanta, con cui ha ottenuto la promozione in Serie A nella stagione 2005-2006.
Dopo aver portato la squadra nella stagione successiva ad un ottimo ottavo posto, nell'estate 2007 viene ingaggiato dal presidente Maurizio Zamparini per allenare il Palermo.
Il 26 novembre 2007, in seguito ad una pesante sconfitta per 5-0 patita il giorno prima a Torino contro la Juventus di Claudio Ranieri, viene esonerato dall'incarico di allenatore: al suo posto viene richiamato per la quarta volta nella sua carriera Francesco Guidolin.
Ma circa quattro mesi dopo, il 24 marzo 2008, viene richiamato alla guida del Palermo dopo l'ennesimo esonero di Guidolin.
Nella sua seconda gestione cambia volto alla squadra (schierandola con un 4-2-3-1) che gli permette di riscattarsi proprio contro la Juventus, sconfitta per 3-2 dopo una partita incredibile e perfetta.
Per la stagione 2008-2009 viene confermato alla guida del Palermo, ma dopo l'eliminazione in Coppa Italia per mano del Ravenna e la sconfitta per 3-1 in campionato contro l'Udinese alla prima giornata, il 4 settembre viene esonerato per la seconda volta da quando è alla guida del Palermo.             Al suo posto viene chiamato Davide Ballardini.

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